مقارن و پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی با توجه به گسترش و فزونی درخواست‌های بانوان در سراسر کشور و تشخیص نیاز و ضرورت از سوی برخی بزرگان و علمای دین در زمینه آموزش علوم اسلامی به بانوان، تعداد مراکز آموزشی و تربیتی برای تحصیلات حوزوی بانوان تحت عنوان «مکتب» در قم افزایش یافت. از بزرگترین و پرجمعیت‌ترین این مکاتب، مکتب توحید تحت اشراف و مدیریت شهید آیت‌الله قدوسی(ره) بود که با همکاری مرحوم آیت‌الله محمدعلی شرعی(ره) اداره می‌شد. تعدد این مکتب‌ها موجب تشتت در نحوه اداره و دروس حوزه‌های علمیه خواهران شد. این امر منجر به صدور حکمی از سوی حضرت امام خمینی (ره) گردید.
در تاریخ 31/5/1363 هـ.ش حضرت امام خمینی (ره) طی حکمی بر ادغام مکتب توحید با سایر مکتب‌های درسی نظیر مکتب علی(علیه السلام)، مکتب هجرت، مکتب فاطمه الزهرا(علیهاالسلام)، مکتب زینب(علیهاالسلام) و مکتب زهرا(علیهاالسلام) امر فرمودند. ایشان در این حکم بر تشکیل مؤسسه‌ای جهت تحصیل علوم اسلامی بانوان محترم در قم تأکید کرده و نسبت به کوشش علمای اعلام و مدرسین حوزه علمیه قم دامت‌برکاتهم در جهت رشد فکری و شکوفا شدن دانش اسلامی بانوان، ابراز امیدواری نمودند.
لازم به ذکر است حضرت امام (ره) در حکم مذکور به‌منظور تعیین نام مؤسسه، هیأت مدیره و تنظیم اساسنامه و سایر امور، جمعی از علما و مدرسین حوزه علمیه قم، حضرات آیات آقایان احمد جنّتی، حسن صانعی، مرحوم محمدرضا توسّلی (ره)، مرحوم محمد فاضل لنکرانی(ره)، مرحوم علی مشکینی(ره)، مرحوم سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی(ره) و مرحوم محمدعلی شرعی(ره) را به عنوان هیأت مؤسس انتخاب فرمودند.
هیأت مؤسس پس از انتخاب نام جامعه‌الزهرا(علیهاالسلام) برای مؤسسه، اساسنامه‌ی آن را تدوین و حجج اسلام آقایان محمود محمدی عراقی، علی رازینی، محمدعلی نظام‌زاده، سید علیرضا صدرحسینی، علی مؤیدی و سید محمدرضا طباطبایی را به عنوان هیأت مدیره انتخاب کردند. در سالهای بعد به تدریج، با تغییراتی در ترکیب هیأت مدیره و کناره‌گیری حجج اسلام آقایان صدر حسینی و نظام زاده؛ حجج اسلام آقایان مصطفی پورمحمدی، کمال‌الدین خدامی و حاجیه خانم‌ها فریده مصطفوی، مرضیه معینی و معصومه گلگیری به جمع هیأت مدیره افزوده شدند.
اعضاء محترم هیأت مؤسس جامعه‌الزهرا(علیهاالسلام) پس از 17 سال تلاش و ارائه خدمات ارزنده در سال 1380، طی ارسال نامه‌ای به محضر مقام معظم رهبری‌حضرت آیت‌الله العظمی امام خامنه‌ای (دام‌ظله‌العالی)، به دلیل اشتغالات فراوان، از مسئولیت خود کناره‌گیری و تقاضای تعیین تکلیف نمودند. معظم له در تاریخ 25/7/1380 طی حکمی ضمن موافقت با تصمیم هیأت محترم مؤسس مبنی بر احاله امور به فضلای تازه نفس، لازم دانستند جامعه‌الزهرا(علیهاالسلام) به‌عنوان یک مرکز معتبر و مستقل به فعالیت خود ادامه داده و از جانب حوزه علمیه، به دانش آموختگان خود مدرک رسمی اعطا نماید. ایشان اعضای هیأت مدیره آن زمان را به همراه مدیر وقت حوزه علمیه قم (آیت‌الله مرتضی مقتدایی دام عزه) و دو نفر دیگر از علما به انتخاب شورای عالی حوزه‌های علمیه (آیت‌الله سیدهاشم حسینی بوشهری دام عزه و مرحوم آیت‌الله محمدعلی شرعی (ره) را به‌مدت پنج سال به‌عنوان هیأت امنای جامعه الزهرا(علیهاالسلام) منصوب نمودند.
هیأت امنای جامعةالزهرا(علیهاالسلام) طی یازده سال با بهره‌گیری از تجربیات فعالیت‌های گذشتگان، با رویکردی فراملی عهده‌دار سیاستگذاری و برنامه‌ریز‌ی‌های کلان جامعةالزهرا(علیهاالسلام) بود.
شایان ذکر است تمرکز فعالیت‌های جامعةالزهرا (علیهاالسلام) در استان قم، موجب تأسیس برخی حوزه‌های علمیه خواهران در دیگر نقاط کشور شد که منجر به تشکیل مرکز مدیریت خواهران در سال 1375 از سوی شورای عالی حوزه‌های علمیه گردید. با توجه به استقبال و گسترش حوزه‌ها و مدارس علمیه در سراسر کشور، به منظور هماهنگی بیشتر مراکز حوزوی خواهران با تدبیر حکیمانه رهبر فرزانه انقلاب اسلامی (مدظله‌العالی)، شورای سیاستگذاری حوزه‌های علمیه خواهران در بهار سال 1391 تشکیل شد.
در اسفند سال 1391، شورای سیاستگذاری حوزه‌های علمیه خواهران؛ آقایان حجج اسلام سیدحسن ربانی، علیرضا امینی، محمدعلی شمالی، احمد واعظی، عبدالکریم بهجت‌پور، حسین رحیمیان موحد، سیدمحمدرضا طباطبایی (مدیر وقت جامعةالزهرا(علیهاالسلام) – عضو حقوقی) و محمودرضا جمشیدی (مدیر وقت مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران – عضو حقوقی) و حاجیه خانم‌ها معصومه گلگیری، مرضیه معینی و مرحومه فریده داودی (ره) را به عنوان اعضای جدید هیأت امنا انتخاب و به مقام معظم رهبری (مدظله‌العالی) معرفی کرد. اعضاء منتخب پس از تأیید مقام معظم رهبری (مدظله‌العالی) با حکم رئیس محترم شورای سیاستگذاری حوزه‌های علمیه خواهران منصوب شدند.
پس از چند سال حجج اسلام آقایان سیدمحمدرضا طباطبایی، محمدعلی شمالی و حاجیه خانم معصومه گلگیری از ادامه عضویت در هیأت امنا کناره‌گیری کردند. لذا شورای سیاستگذاری نیز در نیمه دوم سال1396 بعد از دریافت نظر مشورتی اعضا محترم هیأت امنای جامعةالزهرا(علیهاالسلام)، حجج اسلام آقایان احمد دیانی و محمدحسن مهدوی مهر و حاجیه خانم‌ها سیده زهره برقعی و مرحومه مهرناز بهشتی (ره) را پس از کسب موافقت مقام معظم رهبری (مدظله‌العالی) جایگزین نمود.
با اتمام دوره فعالیت پنج ساله هیأت امنای منتخب، در اواخر سال 1396، شورای سیاستگذاری حوزه‌های علمیه خواهران پس از رایزنی‌های لازم، طی فرایند قانونی و اخذ موافقت مقام معظم رهبری (مدظله‌العالی)، اعضای جدید هیأت امنا را برای یک دوره پنج‌ساله برگزید.
اعضای جدید عبارتند از حجج اسلام آقایان سیدحسن رباني (رئيس)، علیرضا اميني (نايب رئيس)، حسین رحيميان موحد، احمد دیانی، محمدحسن مهدوی مهر، سیدمحمود مدنی(مدیر وقت جامعه الزهرا(علیهاالسلام)، عضو حقوقی) و عبدالکریم بهجت‌پور (مدیر وقت حوزه علمیه خواهران، عضو حقوقی) و سركار خانم‌ها مرضیه معيني، سیده زهره برقعی، مرحومه فریده داوودي(ره) و مرحومه مهرناز بهشتی(ره).
در این دوره اساسنامه جامعةالزهرا(علیهاالسلام) توسط اعضاء جدید هیأت امنا مورد بازنگری قرار گرفت و جهت پیمودن مراحل تصویب به شورای سیاستگذاری ارسال شد. اساسنامه جدید پس از طی مراحل قانونی، در آبان سال 1398 از سوی دفتر مقام معظم رهبری (مدظله‌العالی) تأیید و ابلاغ شد. با توجه به تغییر اعضای حقوقی هیأت امنا در اساسنامه جدید، مدیر محترم حوزه‌های علمیه خواهران حجت‌الاسلام و المسلمین آقای عبدالکریم بهجت‌پور (عضو حقوقی)، از عضویت در هیأت امنا کناره‌گیری کرد.
با ارتحال حاجیه خانم‌ها فریده داودی(ره) در سال 1399 و مهرناز بهشتی (ره) در سال 1400، حاجیه خانم‌ها زینت مقصودی و مریم رحمتی به‌عنوان عضو جدید هیأت امنا انتخاب شدند.
در حال حاضر حجج اسلام آقایان سیدحسن ربانی (رئیس هیأت امنا)، علیرضا امینی (نائب رئیس هیأت امنا)، حسین رحیمیان موحد، احمد دیّانی، محمد حسن مهدوی مهر، محمدجواد زارعان و سرکار خانم‌ها سیده زهره برقعی (مدیر جدید جامعةالزهرا علیهاالسلام- عضو حقوقی)، مرضیه معینی، زینت مقصودی و مریم رحمتی عضو هیأت امنای جامعة الزهرا (علیهاالسلام) می‌باشند.
شایان ذکر است از زمان تأسیس جامعةالزهرا(علیهاالسلام) تاکنون به ترتیب حجج اسلام آقایان سیدمحمدرضا طباطبایی، سیدسجاد هاشمیان، سیدمحمود مدنی بجستانی عهده دار مدیریت شده‌اند و در حال حاضر حاجیه خانم سیده زهره برقعی مدیریت این حوزه فخیمه را بر عهده دارد.
