در سال 1380 و در پی استعفای هیات موسس، رهبر معظم انقلاب اسلامی در حکمی ساختار هیات امنایی را برای جامعه الزهرا(سلام‌الله‌علیها) لحاظ کردند و اعضای هیات مدیره آن زمان به اضافه مدیر حوزه علمیه قم و دو نفر از علما به انتخاب شورای عالی مدیریت حوزه را به مدت پنج سال به عنوان هیأت امنا منصوب کردند تا عهده‌دار کلیه وظایف هیأت موسس و هیأت مدیره باشند. آيات مقتدايي، شرعي و حسيني بوشهري در چارچوب جديد به عضويت هيات امنا درآمدند.
در تير ماه 1392 در پي تشكيل شوراي سياستگذاري حوزه‌هاي علميه خواهران، هيات امناي جديد متشكل از حجج اسلام والمسلمين رباني (رئيس)، اميني (نايب رئيس)، طباطبائي، شمالي، بهجت‌پور، جمشيدي، رحيميان و سركار خانم‌ها معيني، گلگيري، داوودي از سوی رهبر انقلاب منصوب شدند.
در پی استعفا و کناره گیری برخی از اعضای هیات امنا، با تصویب شورای سیاستگذاری حوزه های علمیه خواهران، در حال حاضر حجج اسلام والمسلمين آقایان سید حسن رباني (رئيس)، علیرضا اميني (نايب رئيس)، سیدمحمدرضا طباطبائي، عبدالکریم بهجت‌پور، حسین رحيميان موحد، احمد دیانی و محمدحسن مهدوی مهر و سركار خانم‌ها مرضیه معيني، فریده داوودي و مهرناز بهشتی در هیات امنای این موسسه علمی مشغول به فعالیت هستند.
شورای سیاستگذاری حوزه های علمیه خواهران در سال 1397 و پس از پایان دوره پنج ساله هیات امنا، حجج اسلام والمسلمين آقایان سید حسن رباني (رئيس)، علیرضا اميني (نايب رئيس)، سیدمحمود مدنی(مدیر جامعه الزهرا علیها السلام به عنوان عضو حقوقی)، عبدالکریم بهجت‌پور (مدیر حوزه علمیه خواهران به عنوان عضو حقوقی)، حسین رحيميان موحد، احمد دیانی و محمدحسن مهدوی مهر و سركار خانم‌ها مرضیه معيني، فریده داوودي و مهرناز بهشتی و زهره برقعی را به عنوان اعضای جدید هیات امنای جامعه الزهرا سلام‌الله‌علیها برای یک دوره پنجساله برگزید.
