در سال 1380 و در پی استعفای هیات موسس، رهبر معظم انقلاب اسلامی در حکمی ساختار هیات امنایی را برای جامعه الزهرا(سلام‌الله‌علیها) لحاظ کردند و اعضای هیات مدیره آن زمان به اضافه مدیر حوزه علمیه قم و دو نفر از علما به انتخاب شورای عالی مدیریت حوزه را به مدت پنج سال به عنوان هیأت امنا منصوب کردند تا عهده‌دار کلیه وظایف هیأت موسس و هیأت مدیره باشند. آيات مقتدايي، شرعي و حسيني بوشهري در چارچوب جديد به عضويت هيات امنا درآمدند.
در تير ماه 1392 در پي تشكيل شوراي سياستگذاري حوزه‌هاي علميه خواهران، هيات امناي جديد متشكل از حجج اسلام والمسلمين رباني (رئيس)، اميني (نايب رئيس)، طباطبائي، شمالي، بهجت‌پور، جمشيدي، رحيميان و سركار خانم‌ها معيني، گلگيري، داوودي از سوی رهبر انقلاب منصوب شدند.
در پی استعفا و کناره گیری برخی از اعضای هیات امنا، با تصویب شورای سیاستگذاری حوزه های علمیه خواهران، حجج اسلام والمسلمين آقایان سید حسن رباني (رئيس)، علیرضا اميني (نايب رئيس)، سیدمحمدرضا طباطبائي، عبدالکریم بهجت‌پور، حسین رحيميان موحد، احمد دیانی و محمدحسن مهدوی مهر و سركار خانم‌ها مرضیه معيني، فریده داوودي و مهرناز بهشتی در هیات امنای این موسسه علمی منصوب و مشغول به فعالیت شدند.
شورای سیاستگذاری حوزه های علمیه خواهران در سال 1397 و پس از پایان دوره پنج ساله هیات امنا، حجج اسلام والمسلمين آقایان سید حسن رباني (رئيس)، علیرضا اميني (نايب رئيس)، سیدمحمود مدنی(مدیر جامعه الزهرا علیها السلام به عنوان عضو حقوقی)، عبدالکریم بهجت‌پور (مدیر حوزه علمیه خواهران به عنوان عضو حقوقی)، حسین رحيميان موحد، احمد دیانی و محمدحسن مهدوی مهر و سركار خانم‌ها مرضیه معيني، فریده داوودي و مهرناز بهشتی و زهره برقعی را به عنوان اعضای جدید هیات امنای جامعه الزهرا سلام‌الله‌علیها برای یک دوره پنجساله برگزید.
در سال 1399 و پس از تایید اساسنامه جدید جامعه الزهرا علیهاالسلام از سوی رهبر معظم انقلاب اسلامی و ابلاغ آن توسط شورای سیاستگذاری حوزه های علمیه خواهران، عضویت حقوقی مدیر حوزه های علمیه خواهران در هیات امنا لغو گردید و پس از درگذشت سرکار خانم ها داوودی و بهشتی، هیات امنا حجت الاسلام والمسلمین محمدجواد زارعان و سرکار خانم زینت مقصودی را به عنوان اعضای جدید انتخاب و به شورای سیاستگذاری معرفی کردند که پس تایید شورای سیاستگذاری و تایید دفتر رهبری، اعضای جدید معرفی شدند. هم اکنون حجج اسلام والمسلمین آقایان سید حسن رباني (رئيس)، علیرضا اميني (نايب رئيس)، سیدمحمود مدنی(مدیر جامعه الزهرا علیها السلام به عنوان عضو حقوقی)، حسین رحيميان موحد، احمد دیانی، محمدجواد زارعان و محمدحسن مهدوی مهر و سركار خانم‌ها مرضیه معینی، زهره برقعی و زینت مقصودی اعضای هیات امنای جامعه الزهرا سلام‌الله‌علیها را تشکیل می دهند.
