ماده 1. سطح سه:

دوره آموزشی پس از سطح‌دو است که با هدف تعمیق و تعالی مبانی اعتقادی، اخلاقی، علمی و مهارتی طلاب و ایجاد توان پژوهش، تدریس و تبلیغ و پاسخگویی به نیازهای جامعه، در رشته‌های مختلف علوم اسلامی به اجرا درمی‌آید. طلاب در این مقطع تحصیلی، ضمن گذراندن واحدهای درسی مصوب، مبانی و روش‌های مختلف علمی رشته مورد نظر خود را فراگرفته، توانایی پاسخگویی به مسایل و نیازهای مربوط و توان تحقیق در حد تحلیل و بررسی تطبیقی دیدگاه‌ها را پیدا می‌کنند. به طلاب ایرانی فارغ‌التحصیل این دوره، مدرک «سطح‌سه» و به طلاب بین‌الملل، مدرک «کارشناسی‌ارشد» اعطا می‌شود.

توضیح: بر اساس مصوب 368 شورای عالی انقلاب فرهنگی، دارندگان مدرك سطح سه حوزه، از تمامی مزایای علمی و استخدامی فارغ‌التحصیلان دوره «کارشناسی‌ارشد» دانشگاه‌ها برخوردار خواهند بود.

ماده 2. دروس جبرانی:
در صورتی که طلبه، دروسی را در مقطع قبل نگذرانده باشد، موظف است اضافه بر واحدهای درسی مصوب، به تشخیص گروه علمی و مطابق برنامه آموزشی، دروس جبرانی را بگذراند. این دروس در کارنامه تحصیلی ثبت شده ولی در میانگین نمرات و سنوات تحصیلی محاسبه نمی‌شود.

ماده 3. درس پیش‌نیاز:
 درسی که فهم درس دیگر و درک مطالب آن، مبتنی بر گذراندن آن‌ است و باید قبل از آن درس ارائه گردد.

ماده 4. کمیسیون موارد خاص:
شورایی متشکل از: معاون آموزش، مدیر مرکز تخصصی، مدیر و دبیر آموزشی گروه علمی مربوط است که در موارد خاص تصمیم‌گیری می‌نماید.